Molecule Puzzle is ontworpen door Joe Miller voor de ontwerpwedstrijd van de International Puzzle Party van 2001 (IPP21).

De puzzel bestaat uit 24 plastic puzzelstukken die samen een ruimtelijke figuur vormen. Het is de bedoeling de puzzel uit elkaar te halen en vervolgens weer in elkaar te zetten. Hierbij kun je telkens verschillende kleurenpatronen maken.